El riego por goteo mejora la sanidad vegetal; al no mojar la parte aérea de la planta, se observa una menor incidencia de enfermedades fúngicas. Además, la cebolla es un cultivo sensible al estrés hídrico y las variaciones de humedad, por lo que el riego por goteo, al ser un sistema de riego localizado y de alta frecuencia, es muy adecuado para mantener una humedad constante en la zona radicular y a la profundidad necesaria. Una humedad constante también tiene como consecuencia una reducción de bulbos dobles, lo que aumenta el valor comercial de la cosecha.
Los riegos frecuentes limitan el desarrollo radicular, lo que favorece el engrosamiento de los bulbos. El sistema radicular de la cebolla es muy superficial, produciéndose el 92% de la extracción de agua en el suelo en los primeros 15 cm. Por ello, los goteros de bajo caudal son muy adecuados para el riego de este cultivo.